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UltraVNC や RealVNC などを使って、リモートから VNC の動作している Linux サーバにグラフィカルログインをする際、デフォルトでは root ユーザでのログインが許可されていないことがほとんどです。

CentOS 5 の場合であれば、以下のように /etc/gdm/custom.conf に設定を追加すれば root でリモートからグラフィカルログインできました。

# vi /etc/gdm/custom.conf

[security]
AllowRemoteRoot=true

[xdmcp]
Enable=true

設定後、サーバを再起動します。もしくは、gdmflexiserver コマンドを使い、再起動せずにリアルタイムに設定を反映させます。

# gdmflexiserver --command="UPDATE_CONFIG security/AllowRemoteRoot"
OK

もちろん、セキュリティ上のリスクがありますので検討の上、利用してください。