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CentOS 5 の 64bit 環境では yum で **-devel パッケージを入れるときなどに i386 のパッケージが入ってしまいます。

これを防ぐためには

  # yum install httpd-devel.x86_64

のように毎回 .x86_64 をつければよいが煩わしいですね。

i386, i686 のパッケージを一切使わないのであれば、yum.conf に次のように指定すれば OK です。

# /etc/yum.conf
multilib_policy=best

これで yum で i386 のパッケージが入ってくることはなくなります。

すでに入ってしまった i386, i686 の RPM をまとめて削除するには、x86_64 環境で i386 の RPM を削除する の記事を参照してください。