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いままで MySQL は何のチューニングもしなかったのでいろいろいじっていたら MySQL が起動しなくなりました。エラーログ (/var/log/mysql.log )を見ると次のようなエラーが

InnoDB: Error: log file ./ib_logfile0 is of different size 0 5242880 bytes
InnoDB: than specified in the .cnf file 0 33554432 bytes!
[ERROR] Can't init databases
[ERROR] Aborting

InnoDB のログファイルのデフォルトは 5M ですが、これを 32M ほどに設定し直したところ、ファイルサイズが設定と違うという理由でエラーとなっているようです。自動的に再作成はしてくれないようですので、ログファイルを削除してから MySQL を起動すれば大丈夫でした。