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オープンソースのプロジェクト管理ウェブアプリケーション PHProjekt をインストールして、CentOS 5 で使ってみていますが、プロジェクト名やファイル名に日本語（2バイト文字）を使うと文字化けしてしまいます。

この文字捌けの回避方法が分かりました。原因は、lib/dbman_list.inc.php ファイル中で、htmlentities関数で、2バイト文字がバイト毎に分割されて実体参照に変換されていたためです。回避するには 213 行目あたりの htmlentities の第三引数に文字コードを指定します。

else $row[$ID][$int]['value'] = htmlentities($array['value'], ENT_COMPAT, "EUC-JP");

EUC-JP を直接指定するのはエレガントではありませんが、とりあえずこの方法で回避できました。